北师大生科院教授，博士生导师，2001年毕业于武汉大学生物技术专业，2004年毕业于武汉大学生物科学专业，2011年获得美国密苏里哥伦比亚大学获得遗传学博士学位。课题组长期以模式生物果蝇为主要研究对象，开展分子遗传学，表观遗传学，基因组学等方向的科学研究，主持多项国家自然科学基金面上项目，相关研究成果发表于PNAS、NC以及elife等国际期刊，并兼任PNAS、Science Advances等国际权威期刊审稿人。
任北师大生科院遗传发育学教学团队负责人，主持本科生《遗传学》《遗传学实验》、研究生《分子遗传与发育生物学》等专业课程的教学任务。参编新世纪高等学校规划教材，北京师范大学十二五规划教材《遗传学-关于基因的科学》。曾获得北京师范大学“彭年杰出青年教师奖”，北京师范大学“优秀辅导员”等荣誉称号。
以模式生物果蝇为研究模板，利用遗传学、细胞学、分子生物学、生物信息学等实验技术与方法，深入探究不平衡基因组内基因剂量效应的分子机制，雌雄个体间剂量补偿现象的分子机理以及表观遗传学在不平衡基因组内的调控机制。
1. 不平衡基因组的表观遗传调控：
非整倍体是肿瘤发生发展中高频出现的染色体数目畸变，可打破基因组剂量平衡，引发全局转录紊乱、染色质状态异常及调控网络重塑，是肿瘤异质性产生的重要基因组基础。
本方向聚焦失衡基因组的表观调控规律，以不同类型非整倍体细胞为研究载体，整合遗传学操纵、分子生物学实验与多组学生物信息学分析体系，系统解析非整倍体基因组背景下染色质修饰、表观调控因子及基因表达网络的变化特征。阐明基因组剂量失衡如何通过表观遗传层面调控，介导异常转录表型的稳定维持，揭示非整倍体驱动肿瘤恶性表型的表观分子机制。
2. 剂量补偿现象的分子机制：
剂量补偿效应是雌雄个体间平衡性调控性染色体基因剂量的保守生理机制，果蝇雄性通过MSL复合体介导X染色体全局超转录，实现雌雄X连锁基因表达剂量均等；反式剂量效应是染色体剂量改变引发的全基因组范围连锁表达调控现象。
以黑腹果蝇为模式生物，围绕MSL2核心调控蛋白及MSL复合体功能，综合运用转基因构建、免疫荧光染色、染色质免疫沉淀（ChIP）、荧光原位杂交（FISH）、转录组测序及统计学建模等技术，系统探究反式剂量效应的发生规律与调控通路。重点对比雌雄个体对染色体剂量异常的差异化应答机制，解析MSL2介导染色质修饰、转录激活与剂量补偿的核心分子机理。
3. 行为节律与学习记忆：
生物节律紊乱、睡眠稳态失衡及学习记忆功能衰退是衰老及神经退行性疾病的核心表型，受保守遗传调控通路与小分子化合物精准调控，是神经退行性病变的重要病理基础。
依托成熟的果蝇神经退行性疾病模型、生物节律检测平台及学习记忆行为学检测体系，结合遗传学干预、分子生物学验证等实验手段，探究关键调控基因及特异性活性化合物对昼夜节律周期、睡眠稳态维持、短时程学习记忆功能的调控作用。深入解析节律紊乱介导神经损伤、认知衰退的分子通路，阐明衰老相关神经退行性疾病的发生调控机制。
代表性研究成果
1. Zhang S, Wang R, Luo K, Gu S, Liu X, Wang J, Zhang L, Sun L. Dynamics and regulatory roles of RNA m6A methylation in unbalanced genomes. elife. 2025 Jan 24;13:RP100144.
2. Zhang S, Wang R, Zhang L, Birchler JA, Sun L. Inverse and Proportional Trans Modulation of Gene Expression in Human Aneuploidies[J]. Genes (Basel). 2024, 15(5):637.
3. ZHang, S., Wang, R; Zhu X., Zhang,L; Liu,X; Sun, L.Characteristics and expression of lncRNA andtransposable elements in Drosophila aneuploidy. iScience, 2023,26(12),108494
4. Liu X, Yan R, Liu H, Zhang S, Wang R, Zhang B, Sun L. Genome-Wide Expression Analysis of Long Noncoding RNAs and Their Target Genes in Metafemale Drosophila. Int J Mol Sci. 2023 May 6;24(9):8381.
5. Zhang, L., Zhang, S., Wang, R., Sun, L. Genome-Wide Identification of Long Noncoding RNA and Their Potential Interactors in ISWI Mutants. Int. J. Mol. Sci, 2022, 23, 6247.
6. 张帅,孙林.非整倍体中的反式调控机制[J].中国科学:生命科学,2022,52(08):1192-1202.
7. Zhang Shuai, Qi Haizhu, Huang Cheng, Yuan Lijia, Zhang Ludan, Wang Ruixue, Tian Yu, Sun Lin. (2021) Interaction of Male Specific Lethal complex and genomic imbalance on global gene expression in Drosophila. Scientific Reports,11(1):19679.
8. Zhang Shuai, Wang Ruixue, Huang Cheng, Zhang Ludan, Sun Lin. (2021) Modulation of Global Gene Expression by Aneuploidy and CNV of Dosage Sensitive Regulatory Genes. Genes, 12 (10):1606.
9. Lian He, Liuqing Wang,... Lin Sun, Youjun Wang& Yubin Zhou ,et al. Engineering of a bona fide light-operated calcium channel[J]. NATURE COMMUNICATIONS, 2021,12:164.
10. Sun L, Johnson AF, Li J, Lambdin AS, Cheng J & Birchler JA (2013) Differential effect of aneuploidy on the X chromosome and genes with sex-biased expression in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110(41):16514-16519.
11. Sun L, Johnson AF, Donohue RC, Li J, Cheng J & Birchler JA (2013) Dosage compensation and inverse effects in triple X metafemales of Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110(18):7383-8.
12. Sun L, Fernandez HR, Dohohue RC, Li J, Cheng J & Birchler JA (2012) Male specific lethal complex in Drosophila counteracts histone acetylation and does not mediate dosage compensation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110(9):E808-17.